循环水的水质和运行温度超过一定指标是造成真空泵结垢的主要原因。水质指标中，尤以水的硬度影响更大。为此，必须尽可能降低水的硬度，控制循环水的工作温度，才能解决真空泵结垢的问题。
分析循环水在真空泵中的运行过程，与低压热水锅炉中锅水运行过程极其相似。因此，按照热水锅炉水质标准来管理真空泵水质，既可防止真空泵结垢又可防止真空泵腐蚀。
水垢由于负溶解度温度系数的盐性物质在循环水水温的增高溶解度降低，析出沉淀而生成。真空泵中含有硬度成分的循环水进入，并且水环由于泵体的旋转做工发热，水垢由溶剂在水中的重碳酸盐分解出难溶于水的沉淀而生成。
循环水中原来溶解度较大的盐类，在真空泵运行过程中，和其它盐类相互反应生成难溶物质形成沉淀结成水垢。由于循环水不断做功发热，不可避免地要产生蒸发和浓缩，使水中溶解盐的浓度不断增大，达到饱和时析出沉淀形成水垢。
正常的供水量受到影响时，就需要减小过水断面、增加水流阻力、使热交换的效率降低，导致盐垢生成的速度加快，这就是污垢的危害所在。严重时会造成垢下腐蚀，真空泵的声音和效率甚至是叶轮事故停机等都会受到影响。对于污垢的来源，要在实际的工作中认真的研究。
真空泵循环水系统大都是敞开式循环系统，回水率比较高。在因资金等原因不采用离子交换设备进行水处理的情况下，一般利用一个软化水池加一个高位水池对真空泵进行供水。
